内设正科级管理机构4个:办公室(包含政策法规科)、业务科技科(应急管理办公室)、计划财务科、人事教育科。各管理机构主要职责如下:
  (1)办公室:组织协调机关工作;负责文秘、政务信息、机要、保密、目标管理、宣传报道、档案、信访、办公自动化维护、会议安排等工作;草拟综合性文件、报告、总结、计划、规章制度并负责监督、检查、督办等;组织发布本行政区域内气象行业信息;负责本行政区域安全生产管理工作;承担对外接待、文印、收发等工作。

政策法规科:组织、协调和管理本行政区域气象行政执法工作;承担气象行政复议、行政应诉工作;组织学习、宣传、普及法律法规;负责气象行业管理工作; 负责对县级雷电监测预警业务的指导;组织管理雷电灾害的防御工作;负责防雷装置的设计审核和竣工验收。

(2)业务科技科(应急管理办公室):负责行政区域内监测站网、气象信息网络发展规划、计划的拟定及组织实施;负责气象监测、信息网络、技术装备与保障系统运行的监督、检查、指导等业务管理工作;负责监测网络、科技减灾业务现代化建设的组织管理。负责气象科技发展规划、计划的拟定及组织实施;负责气象预报、警报及其它气象信息发布的管理;承担突发公共事件气象保障和重大气象灾害应急服务的协调和组织管理;负责灾情调查、评估业务管理和灾害性天气联防的组织协调。    

(3)计划财务科:组织编制本行政区域气象事业中、长期发展规划及年度计划并监督实施;负责组织、协调、落实建立健全双重计划财务体制工作;负责本地区气象部门综合预算、国库集中支付、银行账户管理、建设项目、基本建设、国有资产、政府采购、财务统计、审计等管理工作;承担各项经费的调控和监督管理。

(4)人事教育科:负责市气象局党组管理干部的考核、任免及后备干部队伍建设;负责本行政区域内气象部门机构编制、劳动工资、奖惩、录用调配、人才交流、人事代理、人事人才统计、人力资源开发应用、社会保障、教育培训、专业技术职称、事业单位登记等管理工作;承担机构改革及干部人事制度改革工作;承担纪检、监察，负责精神文明创建及党务等管理工作;承担本行政区域气象系统离退休干部的管理指导和服务工作。